Los años 1630 y 1640 fueron críticos para la familia Balbi a causa de un serio asunto político. En aquel tiempo Génova estaba bajo el dominio español, pero muchos genoveses favorecían el dominio francés, y entre estos últimos estaba Gio Paolo Balbi. Había fraguado un plan de apoyo al dominio francés que fue descubierto por los españoles y causó su condena por infamia contra el Rey. Al comienzo del 1630 circuló por toda Italia un anuncio de "buscado" que incluia un bosquejo de Gio Paolo que quizás haya sido copiado de un retrato de él (izquierda) por Van Dyck.
Francesco Maria Balbi, primo de Gio Paolo, ofreció dinero a España para que desistieran de los cargos, pero fue en vano. Se cree también que él contrató a un pintor, Simone De Bovis, para que substituyera en la pintura de Van Dyck el rostro de Gio Paolo por el suyo (derecha) para que resultara difícil identificarlo. Sin embargo Gio Paolo fue encontrado y exiliado a Sicilia por dos años. Su primo Stefano Balbi solicitó que Gio Paolo fuera transferido a Milán, donde la familia tenía negocios y más influencia, y así Gio Paolo fue enviado a Milán. En 1636 pidió de ser enviado a la cárcel para terminar de cumplir su tiempo en el exilio, pero la solicitud fue denegada. En 1639, después de cuatro años de exilio, regresó a Génova.
En 1647 le fué agregada otra sentencia a Gio Paolo, relacionada con el mismo episodio político. Su
hermano Bartolomeo y su primo Stefano fueron arrestados cuando trataban de ayudarle, y su hermana Francesca se
arriesgó al mantenerse en contacto con él. Este episodio demostró un alto grado de solidaridad
familiar.
La familia Balbi mostró gran preocupación por el destino de Gio Paolo. Manejaron la crisis con fuerza
y dignidad, y aunque el honor de la familia estaba lamentablemente comprometido, nunca le abandonaron. Él
mantuvo un estrecho contacto con la familia y gracias a esta ayuda pudo sobrevivir. Vivió en Venecia, Bergamo
y Amsterdam, siempre perseguido por las autoridades.
En un esfuerzo por salvaguardar su seguridad personal, en 1648 Gio Paolo trató sin éxito de establecer una relación primero con Francia y luego con España. Posteriormente la Inquisición Española trató de eliminarlo siete veces. Por un tiempo vivió en Venecia disfrazado de monje, donde un sacerdote, haciéndose pasar por músico, se ganó su confianza. El sacerdote envió información sobre el paradero de Gio Paolo, incluyendo un dibujo del palacio del embajador donde él vivía. Cuando un asesino contratado llegó a Venecia, el sacerdote no pudo continuar con la intriga y ayudó a Gio Paolo a escaparse.
Gio Paolo encarnaba lo mejor de la nobleza del siglo diecisiete, en lucha contra el viejo sistema. Se sintió víctima de la oligarquía y lo fue de la Inquisición Española. Por último Gio Paolo llegó a convertirse en ciudadano de Amsterdam. No se sabe en qué año falleció.